Dalším dílem je "Liber quadratorum" (Kniha čtverců) taktéž z roku 1225. Je v podstatě o teorii čísel a zabývá se především problémem druhých mocnin. Fibonacci ukazuje, že druhé mocniny lze sestavovat jako součet lichých čísel, řeší problém nalezení pythagorejských trojic a popisuje induktivní konstrukci výrazu (n+1)2 = n2 + (2n+1).
Řeší řadu zajímavých výsledků teorie čísel. Mimo jiné dokazuje, že neexistují žádná taková x, y, aby x2 + y2 a x2 - y2 byly současně druhé mocniny, nebo, že x4 - y4 nemůže být druhou mocninou.
